様々なご報告ありがとうございます。
自分だけが陥っている問題ではないこと、原因がromデータそのものということがわかっただけでも一歩前進だと思います。自分なりにも他に3.02がDLできそうなところがないか探してみます。

おっさんさん。
閲覧ならびにコメントありがとうございます。

まさに仰るとおりで、元ファイルが壊れている可能性があります。
Actinide GameplayというYouTubeのチャンネルがあり、そこからFBが紹介されていたので流用させていただいたのですが、
恐らくですがActinide Gameplayさんも、ここでのDLしたファイルじゃないかもしれません。

今探してみてますが、DLしたところを思い出せないので、見つかり次第再度記事の方で紹介しようと思います。
この度はご報告頂きありがとうございました。

うたわれさん

連投大変申し訳ございません。
こちら新たに発覚しました。

3.02ですが、どうやら私がDLしたものは別のもの（ただし3.02）で、FBのDLしたものではありませんでした。
こちらでもいろいろな方法を試してみましたがプレイできませんでした。
ですので、恐らくですがそのROM自体が壊れている可能性があります。
こちらの勘違いで大変申し訳ございませんでした。

こちらでもきちんとしたものを一旦探してみます。お待ちいただければと存じます。

3.01からバグ修正が入っていたようなので期待してたのですが残念です・・・

うたさん、詳細な環境のご報告ありがとうございます。

いただいた情報を元に、私の環境にて無印版とMOD版、およびePSXeとDuckStationの全4パターンでクロス検証を実施しました。

結論から申し上げますと、この主人公の音声にエコーがかかる現象は、エミュレータのバグやMODの影響ではなく、スパロボF完結編のオリジナル版から存在する仕様であることが確定しました。
最も実機に近い精度のDuckStationと無印版の組み合わせでも、全く同じ現象が再現されるためです。

当時の開発側での音声収録、および加工時のエフェクト設定がそのままゲームデータ内にハードコーディングされているものと推測されます。
なお、YouTubeなどのプレイ動画でエコーが聞こえにくいのは、アップロード時のエンコードや音声圧縮処理によって特定の周波数帯のエコー成分だけがカットされていることが原因です。

解決策をご提示できず心苦しいですが、うたさんのエミュレータ環境やパッチ導入手順の不具合ではありません。当時の仕様として安心してお楽しみいただければと存じます。
詳細な検証のきっかけをいただき、ありがとうございました。

良いスパロボF完結編MODライフをお過ごしください。

お返事ありがとうございます。
現在僕のプレイ環境がePSXeで、僕が試した中では「まじめでやさしい熱血漢」や、「理論家だけど異性好き」などで、男女ともに軒並み音声エコーの逆転現象が起こっています。
今回このパッチのためにePSXeを入れなおしたので、実行中のチートなどは入っていないです。
同様に、上記のためにステートセーブなども記録していない状態です。
ＰＣも再起動済みです。
お手数おかけしますが、こちらご確認お願いいたします。

うたさん、閲覧ならびにコメントありがとうございます。
ぬま畑です。

ご指摘のリアル系とスーパー系でエコーが逆転する現象についてですが、現状いただいた情報のみでは原因の特定が困難な状態です。
スパロボF完結編(mod)は男女および性格の違いで合計8人の主人公が存在し、さらにそこからリアル系とスーパー系に分岐する複雑な仕様となっています。
原因を正確に切り分けるため、まずはどの主人公（性別と性格の組み合わせ）を選択した際に発生した現象なのか、詳細なデータを教えていただけますでしょうか。

また、MOD自体の固有バグである可能性もゼロではありませんが、まずはご自身のローカル環境における一時的なエラーの可能性を完全に潰すため、
お手数ですが以下の5つの検証作業を実施してみてください。

・PC本体の再起動
・チートコードの完全無効化（意図せずONになっているフラグがないかの確認）
・ステートセーブの破棄と正規ロード（どこでもセーブはバグ状態を引き継ぐため、必ずゲーム内のメモリーカードデータからロードし直して確認してください）
・DuckStationのオーディオ設定の初期化、またはDuckStation自体の再インストール
・DuckStationのオーディオ設定内にあるリバーブや補間などの音声処理設定のオンオフ切り替え

該当する主人公の詳細な情報と、上記の切り分け作業を試した結果をご返信いただければ、さらに深く検証を行います。
よろしくお願いいたします。

Yutaさん、閲覧ならびにコメントありがとうございます。
返信が遅くなり申し訳ございません。
もうすでに解決済みでしょうか？

念の為お伝えすると、こちらでその事象を確認しました。
3.02も動きますし、biosの問題でもないかもしれません。

結論として恐らくimgではなく、ccdファイルから起動してませんか？
ccdファイルから起動するとデモも止まりますし、スタート押してオープニングから主人公設定画面を進めていっても止まります。
まずは上部メニューのイメージ起動からimgのファイルを選択して起動を試していただきたいです。